O "pulo do gato" para trabalhar com pixel art no Inkscape é ativar a grade. Isso facilita a criação e a organização dos quadrados.
No desenho acima, os grids brancos estão vazios. Quando você for exportar a imagem em PNG, essas áreas vazias permanecerão transparentes, criando um fundo invisível ao redor da sua arte.
O Inkscape é um software de edição de imagens vetorial gratuito, de código aberto e pode ser baixado diretamente do site oficial: https://inkscape.org.